양도소득은 자산의 양도로 발생하는 차익으로 이뤄집니다. 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 기타 필요경비를 공제해 계산하고, 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 액수입니다.
장기보유 특별공제 제도는 장기간에 걸쳐 형성된 양도소득을 단일누진 체계로 과세할 때 장·단기 보유에 따른 세 부담의 균형을 유지할 필요가 있고, 장기보유를 유도해 부동산 투기 억제의 효과를 거두기 위해 생겼습니다.
장기보유 특별공제 제도 적용 대상은 보유기간이 3년 이상인 부동산(미등기부동산과 조정대상지역에 있는 1세대 다주택 등은 제외), 조합원 입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외) 등입니다. 현행법상 오는 5월9일까지 한시적으로 조정대상지역에 있는 1세대 다주택자도 장기보유 특별공제를 받을 수 있습니다. 장기보유 특별공제액은 위 적용 대상 자산의 양도차익에 아래 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱해 계산합니다. 1세대 1주택에 해당하는 자산은 그 양도차익에 아래 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱해 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱해 계산합니다.
예를 들어 A가 양도가액 20억원, 양도차익 10억원, 10년 이상 보유한 1세대 1주택에서 10년 이상 거주했다면, 양도소득금액은 양도차익 10억원에서 보유기간 공제액 4억원과 거주기간 공제액 4억원까지 공제한 2억원이 됩니다.
장기보유 특별공제에서 거주기간 계산도 매우 중요한데요. 상속받은 주택을 양도할 때 거주기간 계산을 어떻게 해야 하는지 쟁점이 된 판례가 최근 선고되었습니다(대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결).
위 사안에서 원고는 부친으로부터 상속받은 주택을 양도하면서 양도차익에 보유기간에 따른 장기보유 특별공제율과 거주기간에 따른 장기보유 특별공제율을 곱해 장기보유 특별공제액을 계산한 뒤 양도소득세를 신고·납부했습니다. 원고는 상속 개시 전 원고와 피상속인이 동일세대원으로 거주했던 기간을 통산해야 한다면서 거주기간을 계산했습니다. 하지만 피고인 과세당국은 원고가 위 주택을 취득한 뒤 거주한 기간이 단 1개월에 불과해 거주기간에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받을 수 없다고 보아 양도소득세를 부과했고, 원고가 부과처분의 취소를 청구한 사건입니다.
대법원은 “장기보유 특별공제 제도에서 거주요건이 추가된 것은 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다”고 판시했습니다.
그러면서 “장기보유 특별공제 제도에서 정하는 ‘거주기간’은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미하고, 이는 주택의 취득 원인이 상속인 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다”고 하면서 원고가 위 주택을 상속으로 취득한 뒤 거주한 기간은 1개월에 불과해 장기보유 특별공제의 거주기간 공제율이 적용되지 않는다고 판단한 원심을 수긍하고, 상고를 기각했습니다.
양도소득세를 줄이기 위해서는 장기보유 특별공제 제도를 적극 활용할 필요가 있습니다. 그리고 특히 1세대 1주택자라면 보유기간뿐만 아니라 거주기간도 신경 써야 장기보유 특별공제 제도를 십분 활용할 수 있습니다. 특히 거주기간을 계산할 때에는 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미한다는 이번 대법원 판례 법리를 잘 새겨야 하겠습니다.
김지은 법무법인 바른 변호사 jieun.kim@barunlaw.com