이재명정부의 특별검사팀들은 수사나 공보 측면에서의 논란뿐 아니라 다른 특검팀이나 기존 수사기관들과의 ‘충돌’로도 구설에 올랐다. 같은 사건을 놓고 다른 법리해석을 해 공개적으로 갈등을 빚고, 자료 제출이나 인력 파견 문제 등을 두고 신경전을 벌이기도 했다.
25일 법조계에 따르면 대표적인 예는 12·3 비상계엄 관련 내란 종료 시점을 둘러싼 내란 특검팀(특검 조은석)과 2차 종합특검팀(특검 권창영)의 이견(異見)이다. 먼저 수사를 마치고 공소유지에 돌입한 내란 특검팀은 12·12와 5·17 사건에 대한 대법원 판례를 근거로 계엄 해제가 공표된 2024년 12월4일 내란이 종료됐다는 입장을 재차 강조했지만, 종합특검팀은 국회의 탄핵소추안 가결로 윤석열 전 대통령의 직무가 정지된 같은 해 12월14일을 내란 종료 시점으로 판단해 이은우 전 한국정책방송원(KTV) 원장 등을 기소했다.
종합특검팀은 전날 최종 수사 결과 발표 브리핑에서도 “전두환(전 대통령의) 내란은 ‘아래로부터의 내란’이고 지금 내란은 ‘위로부터의 내란’”이라며 주장을 굽히지 않았다. 권창영 특검은 “종합특검의 출범 취지가 내란 특검의 미비점을 보완하는 측면도 있기 때문에 완전히 같은 결정을 할 거면 종합특검의 존재 이유가 없지 않나란 생각이 든다”고도 했다. 이에 내란 특검팀은 별도 보도참고자료를 내 종합특검팀의 주장을 조목조목 반박했다.
종합특검팀은 대검찰청이 ‘헌법존중 정부혁신 태스크포스(TF) 조사 자료’ 제출 요구를 거절했다는 이유로 법무부에 구자현 검찰총장 직무대행(대검 차장검사)과 김성동 대검 감찰부장에 대한 징계를 요청하기도 했다. 대검은 TF 조사 자료가 비공개 자료라 법원에 압수수색영장을 청구하면 협조하겠다고 반박했는데, 종합특검팀은 그런 사실이 없다고 맞섰다. 다만 종합특검팀은 징계 요청의 실효가 없다고 판단, 수사기간이 만료되기 직전인 20일 징계 요청을 취소한 것으로 전해졌다.
채해병 특검팀(특검 이명현)은 고위공직자범죄수사처(공수처)와 인력 파견 문제를 놓고 부딪쳤다.
앞서 채해병 특검팀은 수사 종료 후 공소유지를 위한 인력 파견을 공수처에 요청했는데, 공수처는 수사관 파견에만 응했다가 파견 연장을 거부했다. 그러자 채해병 특검팀은 공수처장 등에 대한 징계 요구를 거론하면서 두 기관 사이에 긴장감이 고조됐다.